数据文件传输解决方案

IBMCloud案例研究生命与科学基因组调控中心/生物医学和基因组学研究中心通过高速传输文件,支持前沿研究概述挑战基因组调控中心/生物医学和基因组学研究中心,CentredeRegulacióGenòmica(CRG)希望帮助全球研究机构共享基因测序数据.
怎样才能快速、经济高效地传输如此庞大的数据呢业务转型借助高速的IBMAspera文件传输平台,CRG最高能够以3Gbit/s的速度共享文件,让研究人员能够快速访问所需的数据,用于实施前沿基因组项目.
成果最高500最高可轻松打包500TB的离散序列数据用于共享.
最高3传输速度最高可达到3Gbit/s.
支持支持前沿基因组研究.
生物医学和基因组学研究中心的基因组调控中心,CentredeRegulacióGenòmica(CRG,英文名为theCentreforGenomicRegulation)成立于2000年,是一家知名的生物医学研究机构,位于巴塞罗那.
该机构拥有超过600名员工,目标是推动知识的增长,为社会、公共卫生和经济的繁荣发展作出贡献.
向全球受众呈现基因数据全球各地的研究人员致力于发现个体基因组成的差异如何影响人类的健康.
随着基因测序技术变得越来越快、越来越便宜、越来越准确,可用于分析的数据量也在迅速增长.
研究机构如何快速、便捷且经济高效地共享这些数据CRG机构IT总监DavidCamargo讲述了整个故事:"尽管基因测序成本不断降低,但是收集数据用于疾病的检测、预防和治疗依然需要我们投入大量时间和资源.
""为了解决这一挑战,CRG与欧洲生物信息研究所[EMBL-EBI]合作改进了欧洲基因组表型组档案服务,为全球研究人员提供更便捷的访问途径.
目标是增强EGA的服务,用于共享和存储生物医学研究项目的基因数据和表型数据.
这样,研究团队就能充分利用与他们的研究领域相关的现有测序数据,从而消除重复工作,支持先进的研究,并为小型研究机构提供更低的准入门槛.
"CRG和欧洲基因组表型组档案系统与运营经理ngelCarreoTorres继续说道:"EGA包含各种各样不同的数据格式,比如既有原始的DNA核苷酸序列,也有更细化的格式,其中包含有关测序如何与人类参照基因组相关联的信息.
""我们的当务之急是EGA档案数据的规模和种类庞大,且还在迅速增长,目前,数据规模已经超过了2PB.
为了有效开展工作,研究机构需要迅速获取大量数据,这些数据可能来自不同的小文件,几个大文件,或者两者皆有.
事实上,我们最热门的研究之一包含500TB的基因数据.
从早期就可以看出,传统的文件传输协议无法提供所需的性能.
"IBMCloud案例研究生命与科学2"与IBM业务合作伙伴TmediaT合作部署IBMAspera,是推动欧洲基因组表型组档案发展的关键驱动因素.
"---DavidCamargo,IT总监CentredeRegulacióGenòmica选择久经验证的解决方案多年来,EMBL-EBI一直依赖IBMAsperaHigh-SpeedFileTransfer解决方案,来满足内部文件传输需求.
在CRG加入项目后,该机构决定进行一次概念验证,以确定IBM解决方案是否依然是实现项目目标的理想平台.
"我们的EMBL-EBI同事已经在大范围使用IBMAspera,我们想知道我们能否将EMBL-EBI获得的收益扩展到我们的EGA工作中来,"ngelCarreoTorres回忆道.
在概念验证阶段,CRG与IBM业务合作伙伴TmediaT的专家顾问合作,对IBMAspera解决方案进行了一次深入测试.
在这个阶段,CRG和TmediaT发现、报告并再现了一系列技术问题,这让该机构能够提前修复这些问题并且降低了项目延期的风险.
"与TmediaT团队合作是一次非常愉悦的体验,"DavidCamargo评价道,"在他们的帮助下,我们确信IBMAspera能够为EGA提供所需的性能.
此外,TmediaT召开了一场技术研讨会,为我们提供了有关AsperaAPI和开发流程的详细信息.
投资大型软件组件是一个重大决策,通过与TmediaT合作,我们确信我们作出了正确的选择.
"高速传输文件在成功完成测试后,EGA和CRG组成的联合团队在高性能且经过强化的计算环境中部署了IBMAsperaHigh-SpeedFileTransfer.
"DNA测序研究会迅速生成海量数据.
15年前,对一个人类基因组进行测序需要花费30亿美元和13年的辛苦工作,但是现在,我们只需投入不到1000美元,就能在几个小时内完成这项工作,"ngelCarreoTorres补充道.
如今,EGA和CRG拥有所需的安全、高性能的平台,用于管理宝贵的基因数据,并与世界各地的机构共享这些数据.
"在研究团队收集了来自个人的匿名测序数据且个人签署了同意书授权其数据发布可用于研究用途时,研究团队就可以通过我们的在线门户将数据上传到EGA,"ngelCarreoTorres解释道,"然后,其他研究机构可以申请使用这些数据,负责监控所收集数据研究的机构会审核他们的请求.
""一旦请求得到了批准,我们就会利用为每个请求分配的密钥重新加密数据,将数据加载到容器内.
然后,请求者能够通过IBMAspera客户端下载容器中的内容,在安全的存储库中解密数据,再进行分析.
"IBMCloud案例研究生命与科学3解决方案组件IBMAsperaHigh-SpeedFileTransfer支持前沿研究借助IBMAspera解决方案,EGA和CRG实现了自己的目标:高速向全球各地的研究团队大规模提供可用的研究数据.
"我们的传输速率取决于访问系统的并发用户的数量;通常,我们每秒会交付1GB的数据,当系统需求比平常高时,我们最高每秒能交付3GB的数据,"ngelCarreoTorres表示,"尽管我们也发现其他的文件传输解决方案也能提供这样出色的性能,但是没有哪一款解决方案能为我们提供像IBMAspera一样的易用性.
我们的请求者只需要做一件事:在他们的系统上安装Aspera客户端,然后开始下载他们拥有授权的数据.
"ngelCarreoTorres继续说道:"对于IBMAspera提供的性能级别,我们再怎么夸大也不为过.
""有一次,我们发现一个请求者的性能突然下降.
于是,我们联系了该请求者,询问我们能否提供任何帮助.
结果发现,文件传输太快,占用了他们太多的带宽,使得他们的网络不堪重负,于是,我们必须以较低的速率继续传输文件.
我们甚至听说,一些请求者在领略了IBMAspera提供的积极体验后,为保护自己的投资而开始升级网络硬件.
""未来几年,依赖我们的数据的机构将继续增强他们的计算、网络和存储基础架构.
我们坚信,我们的解决方案将帮助他们从这些技术投资中实现最大的价值,因为他们能从IBMAspera的全文件传输速度中受益.
"DavidCamargo总结道:"与TmediaT合作实施IBMAspera是EGA项目的一个重要驱动因素,它能帮助我们实现支持前沿基因组研究的目标.
"IBMCloud案例研究生命与科学4了解更多信息如欲了解有关IBMAspera产品如何为您提供帮助的更多信息,请联系您的IBM代表或IBM业务合作伙伴,或访问以下网站:ibm.
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com/cn-zh/cloud关注IBM云公众号访问IBM云官网了解IBMAsperaCopyrightIBMCorporation2019IBMCorporation中国印刷2019年9月IBM、IBM徽标、ibm.
com、及IBMAspera是InternationalBusinessMachinesCorporation在世界各地司法辖区的注册商标.
Web站点ibm.
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