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2021/03/2215:391/2设置用于计算的远程服务器费米维基-https://www.
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cn/wiki/TableofContents设置用于计算的远程服务器1概述1在QuantumATK中添加JobManager中添加计算服务器1提交任务测试10Lastupdate:2018/05/1122:38atk:设置用于计算的远程服务器https://www.
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phpid=atk:%E8%AE%BE%E7%BD%AE%E7%94%A8%E4%BA%8E%E8%AE%A1%E7%AE%97%E7%9A%84%E8%BF%9C%E7%A8%8B%E6%9C%8D%E5%8A%A1%E5%99%A8https://www.
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cn/wiki/Printedon2021/03/2215:392021/03/2215:391/10设置用于计算的远程服务器费米维基-https://www.
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cn/wiki/设置用于计算的远程服务器概述JobManager支持设置设置远程服务器提交任务,该方法的特点是:安全:仅使用SSH端口的加密通信;服务器端无需后台进程,无需单独开放其他端口,有效保障安全性,特别适合公共服务器上部署计算;简单:支持自动创建任务文件夹和提交脚本,不需要终端登录服务器进行任务提交;强壮:任务成功提交之后,即可断开与服务器的连接;不必担心网络问题造成的计算中断;无后台进程、数据库等复杂配置,更强壮;便捷:随时可以联机查看即可查看任务、下载计算结果.
从2017版开始,设置使用JobManager向服务器提交作业变得格外方便.
在QuantumATK中添加JobManager中添加计算服务器QuantumATK中支持两种在远程服务器上运行的方式:Direct:即服务器上没有PBS等队列系统,提交的计算直接在登录的主机上运行.
这种方法常试用于单节点的服务器.
通过服务器的队列系统提交:对于大型集群,推荐使用这种方法,目前支持PBS、LSF、SLURM等三种作业队列管理系统.
添加Direct模式服务器首先确定要在服务器上哪个账户下运行ATK计算,使用终端正确登录服务器,在合适的位置创建一个文件夹用于存放运行ATK产生的文件(例如$HOME/atkjobs);点击"New"选择"RemoteDirect";在Settings里设置名称、IP地址(或主机名、域名)、端口(SSH默认为22),登录的用户名;Lastupdate:2018/05/1122:38atk:设置用于计算的远程服务器https://www.
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cn/wiki/Printedon2021/03/2215:39点击+,选择一个妥善的保存路径,点击Create生成SSHKey(显示SuccessfullyGenerated),下方输入服务器登录的用户名和密码,点击Upload上传SSHKey在Environment中设置保存计算任务的文件夹、mpi执行命令、要source的脚本(根据服务器一般提2021/03/2215:393/10设置用于计算的远程服务器费米维基-https://www.
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cn/wiki/交任务的脚本进行设置,、要export的环境变量(变量前不用加export命令)、Modulestoload等;在Resources里设置任务使用的计算资源(注:这里设置的是默认运行一个作业的计算资源,提交计算时还可以根据实际情况调整);Lastupdate:2018/05/1122:38atk:设置用于计算的远程服务器https://www.
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cn/wiki/Printedon2021/03/2215:39之后可以使用diagnostics诊断设置是否正确,当所有项目显示对号时即完成了配置.
添加PBS、LSF、SLURM队列服务器这里以PBS为例.
点击"New"选择"RemotePBS"2021/03/2215:395/10设置用于计算的远程服务器费米维基-https://www.
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cn/wiki/在Settings里设置:MachineName:可以自定义一个服务器的名称;Hostname:通常为服务器的IP地址(或主机名、域名)Port:默认端口为22Username:登录服务器的用户名QueueName:PBS队列名称,可以输入多个,使用逗号分隔;PathtoPBSbinaries:PBS(或Torque)命令位置(不含命令本身),可在终端中使用whichqsub命令查看.
点击+,选择一个妥善的保存路径,点击Create生成SSHKey(显示KeyGenerated),下方输入服务器登录的用户名和密码,点击Upload上传SSHKey;Lastupdate:2018/05/1122:38atk:设置用于计算的远程服务器https://www.
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cn/wiki/Printedon2021/03/2215:39在Environment中设置:Workingdirectory:保存计算任务的文件夹ATKexecutablepath:atkpython命令的位置mpiexecexecutable:mpi命令的位置;Scripttosource:要source的脚本(根据服务器一般提交任务的脚本进行设置,建议将mpiPATH等环境变量放在这里)Exportstatements:要export的环境变量(变量前不用加export命令);Modulestoload:某些大型服务器要加载的模块;Rawsubmissiontext:自定义的PBS脚本命令,直接写入PBS脚本.
2021/03/2215:397/10设置用于计算的远程服务器费米维基-https://www.
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cn/wiki/在Resources里设置任务使用的计算资源numberofnodes:提交计算要请求的节点数numerofcorespernode:每个节点的核心数EnableMKL_DYNAMIC:是否使用MKL的动态线程(实际并行效果需根据系统情况测试)Lastupdate:2018/05/1122:38atk:设置用于计算的远程服务器https://www.
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cn/wiki/Printedon2021/03/2215:39在Notication里设置作业状态检查和提醒的选项设置检查作业状态的时间间隔邮件提醒需要服务器PBS系统支持.
2021/03/2215:399/10设置用于计算的远程服务器费米维基-https://www.
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cn/wiki/最后在Diagnostics里检查配置是否正常,出现任何错误时,根据提示对前面的设置进行修改.
Lastupdate:2018/05/1122:38atk:设置用于计算的远程服务器https://www.
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phpid=atk:%E8%AE%BE%E7%BD%AE%E7%94%A8%E4%BA%8E%E8%AE%A1%E7%AE%97%E7%9A%84%E8%BF%9C%E7%A8%8B%E6%9C%8D%E5%8A%A1%E5%99%A8https://www.
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cn/wiki/Printedon2021/03/2215:39提交任务测试如果以上设置没有问题,可以尝试提交任务.
详情参见:使用JobManager向服务器上提交作业.
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cn/wiki/-费米维基Permanentlink:https://www.
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