引物cgi文件怎么打开

引物设计的原理和程序一、设计原理1、择合适的靶序列:设计引物之前,必须分析待测靶序列的性质,选择高度保守、碱基分布均匀的区域进行引物设计.
2、长度:一般来说,寡核苷酸引物长度为15~30bp.
3、Tm值:引物的Tm值一般控制在55~60℃,尽可能保证上下游引物的Tm值一致,一般不超过2℃.
若引物中的G+C含量相对偏低,则可以使引物长度稍长,而保证一定的退火温度.
4、(G+C)含量:有效引物中(G+C)的比例一般为40~60%.
5、碱基的随机分布:引物中四种碱基的分布最好是随机的,不存在聚嘌呤和聚嘧啶,尤其在引物的3'端不应超过3个连续的G或C.
6、引物自身:引物自身不存在连续4个碱基以上的互补序列,如回文结构,发夹结构等,否则会影响到引物与模板之间的复性结合,尤其避免3'末端的互补.
二二、、引物设计操作流程序列下载同源性比较引物设计筛选1、序列查找根据所需检测的病原体或者待检特定基因,在http://www.
ncbi.
nlm.
nih.
gov/pubmed网址查询有关序列.
2、同源性比较主要有两种方法AA、、在www.
ncbi.
nlm.
nih.
gov/blast/blast.
cgi网址进行在线的两两比较.
热线电话:021-544608328009881995E-mail:master@shinegene.
org.
cn网址:www.
shinegene.
org.
cnB、采用OMIGA,PCGENE等软件进行两两或多序列比较.
1、打开OMIGA软件,导入(import)下载存盘的纯文本序列文件:热线电话:021-544608328009881995E-mail:master@shinegene.
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cn2、选择待比较的多条序列,右键点击"alignsequences"命令;3、等待计算机处理,直至状态显示排列结束,点击"alignment"显示结果;4、"alignment"结果,相同碱基以同色标记热线电话:021-544608328009881995E-mail:master@shinegene.
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cn三、引物设计与筛选PrimerPremier5.
0软件为例,进行引物设计和筛选的操作示范1、打开软件,调入序列2、选择路径,选择序列文件名,加入右框热线电话:021-544608328009881995E-mail:master@shinegene.
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cn3、序列文件显示如图,点击"primer";4、按照引物设计的原理,设定引物的各种参数,点击"确定"进行引物搜寻5、等待引物搜寻,显示结束后,点击"确定",进入下一页;热线电话:021-544608328009881995E-mail:master@shinegene.
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cn6、按照搜寻结果显示,逐条分析,在主窗口中检查该引物对的二级结构情况,依次筛选热线电话:021-544608328009881995E-mail:master@shinegene.
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