转录组数据分析转录组分析的详细过程 想知道后续分析所用的软件及过程

转录组数据分析  时间:2021-09-20  阅读:()

基因组,转录组,蛋白组有什么区别,相互关系是咋样的

基因组,转录组,蛋白组有什么区别,相互关系是咋样的 组学omics,研究的是整体.按照分析目标不同主要分为基因组学,转录组学,蛋白质组学,代谢组学.基因组学研究的主要是基因组DNA,使用方法目前以二代测序为主,

请问在华大做的转录组测序,得到的结果该怎么分析?就给了一堆序列,该怎么分析呢?

是有参考基因组的还是de novo的结果,如果有参考基因组的,那么可以通过这个基因名称在注释结果中查找是否有这个基因,序列信息需要在参考基因组中查找,如果是没有参考基因组的,那么拼接结果是一个fasta格式的文件,可以用blast软件进行比对。

求问各位转录组分析高手,转录组测序与RNA-seq(quantification) 有什么区别,从原理上和适用性上?感谢

转录组测序与 RNA-seq前期实验样本的处理是没有差别的,主要是测序量的不同及生物信息侧重点的不同,相对来说,转录组测序适合于大物种及基因组参考序列相对来说较差的物种,以及无参考基因组的物种,而RNA-seq 更适合于参考基因相对明确,老师只想寻找基因表达差异的物种样本,如拟南芥 等 。

转录组测序得数据怎么判断kegg富集显著性

转录组测序得数据怎么判断kegg富集显著性 提取样品总RNA后,用带有Oligo(dT)的磁珠富集真核生物mRNA(若为原核生物,则用试剂盒去除rRNA后进入下一步)。

加入fragmentation buffer将mRNA打断成短片段,以mRNA为模板,用六碱基随机引物(random hexamers)合成第一条cDNA链,然后加入缓冲液、dNTPs、RNase H和DNA polymerase I合成第二条cDNA链,在经过QiaQuick PCR试剂盒纯化并加EB缓冲液洗脱之后做末端修复、加A并连接测序接头,然后用琼脂糖凝胶电泳进行片段大小选择,最后进行PCR扩增,建好的测序文库用Illumina HiSeq? 2000进行测序。

如何进行转录组数据分析?

首先您做的事芯片呢?还是转录组测序呢? 芯片我不是太了解,可能是封闭系统,目前看对于发现新转录本不是很有利。

若是做转录组测序,首先去除污染序列,然后片段重叠。

然后将将每一个read定位到基因组,取得GO值,功能注释,转录水平评估,功能富集及pathway分析,若对新发现的转录本感兴趣还可以做转录本的功能预测及细胞定位。

希望有高手来评价---说的不对的尽管指出。

OVER.

转录组分析的详细过程 想知道后续分析所用的软件及过程

测序原始数据处理(质量剪切、污染序列去除等) 短序列mapping至参考基因组序列 基因功能注释 基因结构分析 可变剪切分析 基因表达差异分析(不少于两个样品 预测新的基因

UCloud新人优惠中国香港/日本/美国云服务器低至4元

UCloud优刻得商家这几年应该已经被我们不少的个人站长用户认知,且确实在当下阿里云、腾讯云服务商不断的只促销服务于新用户活动,给我们很多老用户折扣的空间不多。于是,我们可以通过拓展选择其他同类服务商享受新人的福利,这里其中之一就选择UCloud商家。UCloud服务商2020年创业板上市的,实际上很早就有认识到,那时候价格高的离谱,谁让他们只服务有钱的企业用户呢。这里希望融入到我们大众消费者,你...

云基Yunbase无视CC攻击(最高500G DDoS防御),美国洛杉矶CN2-GIA高防独立服务器,

云基yunbase怎么样?云基成立于2020年,目前主要提供高防海内外独立服务器,欢迎各类追求稳定和高防优质线路的用户。业务可选:洛杉矶CN2-GIA+高防(默认500G高防)、洛杉矶CN2-GIA(默认带50Gbps防御)、香港CN2-GIA高防(双向CN2GIA专线,突发带宽支持,15G-20G DDoS防御,无视CC)。目前,美国洛杉矶CN2-GIA高防独立服务器,8核16G,最高500G ...

Sharktech:鲨鱼机房1Gbps无限流量美国服务器;丹佛$49/月起,洛杉矶$59/月起

sharktech怎么样?sharktech鲨鱼机房(Sharktech)我们也叫它SK机房,是一家成立于2003年的老牌国外主机商,提供的产品包括独立服务器租用、VPS主机等,自营机房在美国洛杉矶、丹佛、芝加哥和荷兰阿姆斯特丹等,主打高防产品,独立服务器免费提供60Gbps/48Mpps攻击防御。机房提供1-10Gbps带宽不限流量服务器,最低丹佛/荷兰机房每月49美元起,洛杉矶机房最低59美元...

转录组数据分析为你推荐
网站推广120种方法企业如何做网站推广声源定位产生视觉、听觉产生的部位是(  ) A.视网膜;耳蜗 B.大脑皮层;大脑皮层 C.晶状体;听小骨新中大软件新中大软件公司南京公司怎么样视维视频会议Vidyo视频会议好吗例外招聘高考完了想在家做份兼职,网上有招聘打字员的大家都说不可信,有没有例外?无线监控系统方案什么才叫无线监控web移动端开发web移动端开发要具备哪些知识?web移动端开发web移动端开发和PC端的区别香港大陆香港和大陆有什么不同wap地带什么是cmwapm模式
海外域名注册 网页空间租用 景安vps 域名解析服务器 泛域名解析 动态域名解析软件 ddos 一点优惠网 cpanel空间 申请个人网站 服务器维护方案 服务器干什么用的 昆明蜗牛家 怎么建立邮箱 创建邮箱 万网空间管理 shuang12 石家庄服务器托管 apnic 新网dns 更多